Từ tốt nhất để mô tả môi trường miệng sẽ là “khu rừng” Vi sinh vật, nó có chứa một số lượng lớn các vi sinh vật trong đó bao gồm vi khuẩn, virus, động vật nguyên sinh và nấm.
Vi khuẩn có dân số lớn nhất với 100 triệu cho mỗi ml nước bọt thuộc hơn 600 loài khác nhau.
Miệng là một hệ sinh thái đa dạng với các vi khuẩn như các sinh vật răng, nước bọt, lưỡi, nướu là môi trường sống của vi sinh vật.
Ngay cả một người đánh răng ngàn lần cũng không thể không hoàn toàn loại bỏ vi khuẩn trong miệng. Một đứa trẻ mới sinh ra có một cái miệng vô trùng, nhưng một khi đứa trẻ bắt đầu lấy thức ăn, vi khuẩn từ từ bắt đầu chinh phục không gian của miệng.
Bây giờ bạn biết rằng có hàng trăm hàng triệu vi khuẩn trong miệng của bạn, đừng lo lắng vì hầu hết trong số họ không có hại. Thực tế hầu hết trong số đó là có lợi bởi vì chúng giúp kiểm soát dân số của vi khuẩn có hại, virus, động vật nguyên sinh và nấm.
Chúng ta hãy xem xét một số loại vi khuẩn trong khoang miệng qua lăng kính hiển vi.
Cầu khuẩn – Staphylococci bacteria

– Staphylococci là vi khuẩn thường có hình cụm giống nho. Loài tụ cầu được tìm thấy trong miệng bao gồm Staphylococcus mutans  và Staphylococcus sanguis. Các loài vi khuẩn là thủ phạm cho sự hình thành các mảng bám răng và ăn mòn của răng. Những vi khuẩn này chuyển hóa đường (từ thức ăn) và sản xuất ra axit. Các axit ăn mòn men qua một loạt các phản ứng hóa học dẫn đến sâu răng.
Có một lý thuyết nói rằng S. mutans và S. sanguis là vi khuẩn trước đó không có hại trong miệng. Khi con người bắt đầu sử dụng đường tinh luyện, các vi khuẩn phát triển qua thời gian sử dụng đường trong sự trao đổi chất và giải phóng các axit. Từ các axit gây khử khoáng của men răng, vi khuẩn trở thành kẻ thù của con người.
Porphyromonas Gingivalis

-P. gingivalis là một kỵ khí vi khuẩn gram âm gây bệnh nha chu người lớn mãn tính.

Treponema denticola
-Đây là một xoắn khuẩn, vi khuẩn phát triển mạnh trong các hoạt động bằng miệng. Như P. gingivalis, T. denticola cũng gây ra các bệnh nha chu. Vi khuẩn này là di động hơn và có khả năng phân giải protein (khả năng tiêu hóa protein).

Fusospirochetes

-Những vi khuẩn này hình thoi sống như sinh vật bình thường trong miệng và không gây ra bất kỳ tác hại. Tuy nhiên, trong sự hiện diện của những vết thương trong khoang miệng fusospirochetes gây nhiễm trùng cho các khu vực bị ảnh hưởng.

Veillonella

-Veillonella được coi là một loại vi khuẩn có lợi vì nó làm chậm sự phát triển của sâu răng bằng cách trung hòa các chất chuyển hóa có tính axit của các vi khuẩn khác như S. mutans và S. sanguis.

Actinomyces

-Đây là, vi khuẩn gram dương hình que có thể tồn tại trong môi trường thiếu oxy. Actinomyces naeslundii tạo mảng bám răng bằng cách gắn vào bề mặt của răng.

Neisseria

-Chi vi khuẩn thuộc nhóm beta-proteobacteria, vi khuẩn có khả năng phân giải protein. Mặc dù N. gonorrhea và N. meningitis gây ra bệnh lậu và viêm màng não tương ứng nhưng loài Neisseria trong miệng thường không có hại.

Enterobacteria

-Enterobacter loài vi khuẩn kỵ khí gram âm tuỳ ý thường được tìm thấy trong ruột của động vật có vú nhưng cũng có thể được tìm thấy trong miệng. Chúng thường không có hại.

Lactobacillus

-Chi vi khuẩn thường cộng sinh có lợi (mối quan hệ lẫn nhau) với con người và thường được tìm thấy trong ruột. Một số loài thuộc chi này có liên quan đến nha khoa.